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生態環境基礎調查分區逐年對我國海域執法線內生態系、棲地環境、生物多樣性資源、水下生物聲學聲景監測等進行長期調查和監測，掌握整體海洋變遷趨勢，提供政府擬訂全面性的海洋環境保護和生態保育策略，以維護永續海洋資源。
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