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本計畫使用一套標準化的調查方式，以建立我國海洋包括重要生態系及海洋保護區固定測站之長期生態與環境基礎資料調查。其工作內容包含(1)臺灣周邊海域生態系-船舶調查；(2)臺灣海域重要生態系及海洋保護區（以珊瑚礁區為主）-人員潛水調查；(3)自動監測系統之建置與調查；(4)臺灣海域重要海洋生態系及海洋保護區資料庫建立與歷年資料庫及本案生態調查之成果資料整合，並在計畫後期做到進階生態熱點分析及生態系統服務評估與價值衡量。本資料集提供調查成果之結構化資料。
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